等之后大迁徙时代到来时，海盗群岛再一次也是最后一次被启用，盖亚教廷利用当地作为中转站，接力运输北地的人口南下前往南土。
这段历史被记载在盖亚教廷的编年史中，也是拉奇马尔利用海盗群岛接力殖民的点子来源。
历史上等到大迁徙时代结束后，海盗群岛还被继续使用了一段时间，继续作为盖亚教廷的运输枢纽存在。
因为当时北地海岸依旧有盖亚教廷的军事堡垒，只不过没有任何的生活痕迹，他们任务并不是定居而是破坏。
盖亚教廷要在彻底抛弃北地之前，尽可能搜寻并摧毁那些旧时代的痕迹，以避免之后可能继续被他人给利用。
然而这并不是一件轻松的工作，因为当年为了躲避神造之神赫尔梅斯的摧毁，许多避难场所被建在隐蔽的地下，现在找起来老费劲了。
因为不是所有避难所都有人类幸存，有些避难所的整个场所，和居住人口一同被赫尔梅斯摧毁，盖亚教廷这边想要进去都很困难。
盖亚教廷也知道这件事，以他们目前的精力没法完成，所以只在这里待了十几年，把容易找到的避难所都给摧毁后，便收工彻底从北地和海盗群岛撤离。
这次撤离时是非常干净的撤离，走之前把能带走的全部带走，带不走的也要彻底破坏掉，做到当地什么东西都没有留下。
就这样兜兜转转来到拉奇马尔的时代，他们重新启用了废弃百年的海盗群岛，将其再次作为移民的中转枢纽，只不过和过去那次移民相比，移民方向完全反了一个弯。
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