战后岳钟琪继续搜剿抓获二千多人，剩余党羽投降，岳钟琪受降并安置了这些人，事后上奏朝廷，并建议改庄浪卫为平番县。
雍正帝下旨再授岳钟琪兼甘肃巡抚，督办甘肃、青海两地军务政要。
雍正三年四月，年羹尧被解除兵权，雍正改授他为杭州将军，而岳钟琪也被命令上缴奋威将军印，被任命为川陕总督。
任职期间，岳钟琪上奏请求恢复河州、松潘互市；
又整肃川陕官场，肃清官风。
他视察民情，于雍正四年冬奏请摊丁入亩减轻川陕百姓的负担。
后于雍正五年春，他主持调节少数民族首领之间的领地纠纷，在当地推行改土归流之策。
雍正五年秋，成都有人散播谣言，称岳钟琪将要带兵造反。
岳钟琪听闻后上奏此事，表明清白。
雍正帝命人严查，查出是一个寄居四川的湖广人卢宗因为私事造谣，幕后无主使者，于是论斩此人。
雍正六年，道士李不器捏造岳钟琪谋反，雍正帝不相信谣言，于十二月初十下谕旨还岳钟琪清白。
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